Поняття про онтології як вченні вперше ввів Аристотель. Католицькі філософи в епоху пізнього середньовіччя намагалися застосувати ідею Аристотеля про метафізику для побудови певного вчення про буття. Вчення, службовця незаперечним філософським доказом істин релігії.

Ця тенденція виступила в найбільш закінченому вигляді у Фоми Аквінського в його філософсько-теологічної системі. Приблизно з 16 століття особливу частину метафізики, вчення про надчутливої, нематеріальної структурі всього сущого стали розуміти під терміном онтологія.

Сам термін «онтологія» вперше вжив в 1613 році німецький філософ Гекленіус. А так як ми розуміємо цей термін зараз, в його закінченому вираженні, онтологія була виражена у філософії Вольфа. Онтологія була відкинути від змісту приватних наук і будувалася шляхом абстрактно-дедуктивного аналізу її понять, таких як бутність, кількість і якість, можливість і дійсність, причина і дія, субстанція і акціденція та інші.

Однак в матеріалістичних навчаннях Гоббса, Спінози, Локка і французьких матеріалістів 18 століття виступала протилежна тенденція, тому що зміст цих навчань спиралося на дані експериментальних наук, і ідея онтології як філософської дисципліни вищого рангу зводилася практично до нуля.

У філософії 20 століття німецькі філософи-ідеалісти Микола Гартман і Мартін Хайдеггер в результаті поширення субьективно-ідеалістичних течій побудували на об'єктивно-ідеалістичній основі так звану нову онтологію. Під новою онтологією розуміється певна система загальних понять буття, які осягаються за допомогою надраціональної і сверхчувственной інтуїції.

Сьогодні під терміном «онтологія» прийнято розуміти єдність і повноту всіх видів реальності, хоча світ дискретний і розділений, він має чітку структуру, всі частини якої пов'язані і являють собою цілісність. Онтологія має кілька типів: онтологія предметної області, мережева, мета-онтологія, онтологія конкретного завдання.