Саме тому до справжнього моменту сформульовані суворі правила, що дозволяють використовувати антибіотики тільки за показаннями, для лікування і профілактики дійсно небезпечних процесів.

Для призначення антибіотиків обов'язково потрібно повне обстеження пацієнта, яке буде враховувати його діагноз (при вірусних інфекціях ці препарати ефективними бути не можуть ніколи), вік, наявність супутньої патології

Деякі антибіотики не можна призначати дітям, деякі потрібно з побоюванням призначати пацієнтам старшого віку, з обережністю і тільки деякі антибіотики можна призначати жінкам під час вагітності.

Ще до першого застосування препарату будь-якої групи антибіотиків протягом життя потрібно проводити пробу на індивідуальну переносимість та відсутність алергічних реакцій.

Антибіотики повинні обов'язково призначатися тим пацієнтам, у яких підтверджено захворювання будь-якого органу або системи організму, причиною якого стали чутливі до препарату мікроорганізми, або є підозра на можливість такої хвороби.

Антибіотики повинні призначатися для лікування гострих і при загостреннях хронічних тонзилітів (причиною цього захворювання стають у 85% випадків гемолитические стрептококи, які можуть викликати згодом важкі захворювання організму - ревматизм, гломерулонефрит, артрити). Також не обійтися без призначення цих препаратів, підібраних в індивідуальному порядку, при бронхітах і пневмоніях, придбаних пороках серця, важких гнійних процесах організму - перитонитах, сепсисі, абсцесах і гангрені.

При призначенні антибіотиків слід не тільки підбирати препарат або комбінацію декількох лікарських речовин з різних груп, але і рекомендувати правильну (ефективну) дозування і проводити повністю передбачений курс лікування. Це дозволить попередити розвиток ускладнень і поява форм мікроорганізмів, які до антибіотиків стійкі.