Згідно експериментам, гени, які розташовуються в одній хромосомі, при мейозі потрапляють в одну і ту ж гамету. Таким чином, ознаки, закодовані в цих генах, успадковуються сцепленно. Даний феномен - феномен зчепленого успадкування ознак - отримав назву закону Моргана.

Однак закон Моргана не є абсолютним, в природі часто зустрічаються відхилення від цього закону. У гібридів другого покоління невелике число особин має перекомбінація ознак, гени яких лежать в одній і тій же хромосомі. Як це пояснює сучасна наука?

Справа в тому, що в профазі першого мейотичного поділу відбувається кон'югація (від лат. Conjugatio - з'єднання) гомологічних хромосом. Ці соединившиеся між собою гомологічні хромосоми можуть обмінюватися своїми ділянками. Даний процес називається «кроссинговер» (від англ. Crossing-over - перехрест).

Процес кросинговеру вкрай важливий для підвищення різноманітності серед нащадків. Кроссинговер був також помічений Морганом і його учнями, тому його теорію спадковості, що складається з трьох основних пунктів, можна доповнити ще одним положенням: у процесі формування гамет гомологічні хромосоми кон'югують, і в результаті обмінюються аллельними генами, тобто між ними відбувається кросинговер.

Отже, при кросинговері порушується виконання закону Моргана. Гени однієї хромосоми не успадковуються сцепленно, тому деякі з них замінюються аллельними генами гомологичной хромосоми. В даному випадку, мова йде про неповну зчепленні генів.

Явище кросинговеру допомогло вченим створити генетичні карти хромосом, що показують розташування кожного гена в хромосомі. Грунтуючись на генетичних картах, можна скласти імовірну схему хромосомного успадкування.