Молекула - це найменша частинка хімічного речовини, яка володіє всіма його властивостями. Вона має постійну кількість атомів, об'єднаних хімічними зв'язками, тобто має постійний склад.

Хімічна індивідуальність молекули виражається конфігурацією і сукупністю хімічних зв'язків між її атомами. Між атомами молекули існують валентні і невалентних взаємодії. Перші забезпечують основні властивості і стабільність молекули, другі - істотно впливають на властивості молекул і в результаті речовини, яке вони утворюють.
У молекулах визнають наявність двухчентрових і багатоцентрових зв'язків (найчастіше трехцентрових і четирехцентрових).

Молекула являє собою динамічну систему, в якій атоми є матеріальними точками і можуть здійснювати механічні коливальні і обертальні рухи щодо рівноважної ядерної конфігурації. Ця конфігурація відповідає мінімуму енергії молекули і розглядається як система гармонійних осциляторів.

Молекули складаються з атомів. Їх розташування можна передати за допомогою структурної формули. Для передачі складу молекули використовується брутто-формула. Деякі молекули, наприклад, білків, можуть містити сотні тисяч атомів.

Молекули вивчаються в квантової хімії, теорії будови молекул. Ці гілки науки активно використовують досягнення квантової фізики. В даний час в хімії розвивається така галузь, як молекулярний дизайн.

В даний час для визначення будови молекул певної речовини використовуються дифракційні методи. До них відносяться рентгеноструктурний аналіз і дифракція нейтронів. Ці методи є прямими. Також існують і інші методи: коливальна спектроскопія, електронний парамагнітний і ядерний магнітний резонанси.