Одним з ключових моментів геймплея є постійне зростання Спайдермена в рівні і відкриття додаткових можливостей. Відбувається це за рахунок набору досвіду: його ви можете отримати за проходження додаткових місій, випадкові події і вбивство ворогів. Очки досвіду передбачається витрачати на покупку нових прийомів і збільшення показників героя (на кшталт висоти стрибка або кількості життів).
Вони ніяк не позначаються на карті, і знайти їх можна, лише випадково опинившись поруч. Як правило, проходження такого завдання займає всього кілька хвилин і компенсує ваші тимчасові витрати пристойною кількістю досвіду. Крім того, існують і міні-ігри, на зразок «гонок по місту» через чекпоінти. Аналогічно, за їх проходження ви отримуєте лише досвід.
У грі присутня складна бойова система, яка будується на використанні павутини, стрибків і рукопашних ударів. В меню «Пауза» -> «Прийоми» ви можете знайти повний список доступних вам атак (окремо варто згадати можливість уповільнювати час, що дозволить вам отримати значну перевагу перед ворогами). Чим різноманітніше ви будете вести бої, тим більше досвіду отримаєте, і тим легше буде подальше проходження.
Ключові вороги в різних місіях відрізняються яскравою індивідуальністю, і для перемоги над ними доведеться кілька поламати голову. Не поспішайте і деякий час терпляче стежте за поведінкою ватажка - це дозволить вам знайти момент, коли той опиниться беззахисний. Далі на допомогу вам прийде режим уповільнення і низка Quick-time-events (міні-гра за принципом «вчасно натисни потрібну кнопку»). Зазвичай бос виявляється переможений після двох-трьох подібних серій.
Приблизно на середині проходження вам стає доступний чорний костюм «Venom», надівши який (клавіша в меню «Пауза»), ви отримаєте деякі додаткові можливості і більших збитків.